Fue Bernard-Jean Antoine Marfan (1858-1942) quien en 1896 presentó el caso de una niña de cinco años, Gabrielle P., a la Société Médicale des Hôpitaux de Paris. La pequeña poseía unos largos brazos desproporcionados respecto a su cuerpo y los dedos de manos y pies muy delgados y largos. Sin embargo, fueron Henri Méry y Léon Babonneix, en 1902, los que estudiaron de nuevo el caso y notaron que la niña sufría escoliosis y asimetría torácica.
Emile Charles Achard, en 1902, presentó otra niña con los dedos alargados y finos y llamó a la alteración aracnodactilia. Por su parte, Boeger en 1914 relacionó la luxación del cristalino con el síndrome y, en 1931, Henricus Jacobus Maria Wave demostró que el trastorno era transmitido como un rasgo dominante; fue el primero en usar el nombre de síndrome de Marfan.
En 1943, Baier, Etter y Glover describieron las manifestaciones cardiovasculares del síndrome.