En primer lugar, es necesario limpiar los ojos con agua limpia o suero fisiológico y retirar todas las secreciones. A continuación, se administran gotas para los ojos con el fin de mejorar los síntomas y se administran antibióticos en gotas cuando hay infección, además de un antihistamínico en el caso de alergia.
Las conjuntivitis víricas se tratan administrando un tratamiento que corrija los síntomas y se suele prescribir un antibiótico para impedir una infección bacteriana sobreañadida. A menudo afecta sólo a un ojo y se deben extremar las medidas higiénicas para impedir el contagio al otro ojo y a las personas próximas. Se deben utilizar toallas y pañuelos aparte para el enfermo y separadas del resto de la familia. Para limpiar los ojos, se deben utilizar gasas diferentes para cada ojo