En pacientes con historia de enfermedad autoinmune, como trombocitopenia autoinmune o con enfermedades inflamatorias, como vasculitis, ya que pueden exacerbar estas enfermedades. Tampoco se debe utilizar si existe una enfermedad cardiovascular preexistente, pues se ha documentado la presencia de infarto de miocardio y arritmias con el uso de alguno de estos fármacos. Cuando existe un exceso de blastos mieloides leucémicos en la médula ósea o en sangre periférica (10% o más), los factores estimulantes de colonias, especialmente en dosis altas, pueden estimular el crecimiento de blastos leucémicos.
Están contraindicados, además, si existe sensibilidad a los factores estimulantes de colonias prescritos y sepsis, pues existe el riesgo teórico de síndrome de dificultad respiratoria en adultos como resultado de la posible afluencia de neutrófilos en el lugar de la inflamación. No se deben administrar si hay sensibilidad a las proteínas derivadas de Escherichia coli.
