Cuando la mujer inicia su actividad sexual, el intercambio de flora bacteriana ocurrido entre el varón y la mujer puede ser motivo de la aparición de cistitis. Las enfermedades venéreas o de transmisión sexual son también posibles causas de cistitis. La gonorrea y las infecciones por clamidias, por ejemplo, sobre todo en los varones jóvenes con actividad sexual frecuente y que no toman precauciones mediante el uso de profilácticos, pueden producir síntomas de cistitis.
Se recomienda orinar después de tener relaciones sexuales y evitar las relaciones anales, especialmente si son seguidas de relaciones vaginales. Además de mantener limpia el área genital y, cuando se evacúa, se debe limpiar de delante hacia atrás.
Las enfermedades de transmisión sexual (ETS) son un conjunto de patologías agrupadas por tener en común la misma vía de transmisión: se transmiten de persona a persona solamente por medio de contacto íntimo que se produce, casi exclusivamente, durante las relaciones sexuales, a través de las membranas mucosas del pene, la vulva y la boca.